Междууниверситетските магистърски програми подготвят Магистри по бизнес администрация със специализации Управление на международни бизнес проекти и Бизнес администрация в туризма и Магистри по икономика със специализации Финансов и банков мениджмънт и маркетинг и Международен маркетинг. Програмите се организират съвместно от Варненски свободен университет "Черноризец Храбър" и Института за икономически изследвания на БАН.
Магистърските програми са предназначени за подготовка и обучение на ръководители и експерти за нуждите на социалната и стопанската практика. Целта на обучението е да осигури на магистрите знания и умения, необходими за успешната им работа в България и чужбина в такива области на обществената и стопанска практика, които са силно чувствителни към процесите на интегриране на България към Европейския съюз. Допълнителен акцент се поставя върху следното.
- проблемите и подходите при евроинтеграцията в условията на глобализацията на обществено икономическото развитие.
- съвременните организационни форми и методи на управление на големи социални и стопански структури и максимално усвояване на проектен принцип на крупни финансови ресурси от Структурните и Кохезионния фонд на ЕС.
- максимално обвързване на теоретическите знания с практически умения, включително посредством преддипломен стаж в реални условия на социалната практика в страни от Европейския съюз.
За кандидатите, завършили специалности от професионални направления "Администрация и управление", "Икономика", "Туризъм", "Психология", "Политически науки", "Социални дейности" и "Право" продължителността на обучението е 3 семестъра. За бакалаври от други професионални направления е предвидена възможност за включване в някоя от програмите, като полагат приравнителни изпити по време на обучението. Обучението завършва със защита на магистърска теза.